OMICS Genomika

RNDr. Štěpánka Hrdá — Vedoucí laboratoře

Přírodovědecká fakulta Univerzity Karlovy

O nás

CF OMICS – GENOMIKA poskytuje servisní služby v oblasti sekvenace DNA a fragmentační analýzy DNA. S klasickým Sangerovým sekvenováním a metodami fragmentační analýzy máme dlouholeté zkušenosti, samostatná Laboratoř sekvenace DNA vznikla na Přírodovědecké fakultě UK již v roce 2003.

Stránky laboratoře sekvenace DNA naleznete ZDE

Dále nabízíme:

služby sekvenování druhé generace (NGS, Next-generation sekvenování) na platformě MiSeq, Illumina
kontrolu kvality DNA a RNA a knihoven pro NGS pomocí spektrofotometru Nanodrop, fluorometru Quantus, Bioanalyzéru Agilent 2100, Agilent 4150 TapeStation a metodami qPCR
přípravu některých typů knihoven pro NGS (v současné době máme k dispozici TruSeq DNA PCR-Free Library Preparation Kit, Illumina)
možnost využití ultrasonikátoru Covaris M220

Aktuality

Vědci v akci: Vestec a Dolní Břežany poměřily síly v šesti disciplínách

Summer School – Biology of Parasitic Protists: Practical Course

Open Day of Research Infrastructures and Core Facilities

MICOBION EMBL Course: Methods of Functional Genomics

Fragmentační analýza DNA

Za použití kapilárního genetického analyzátoru ABI 3130xl Life Technologies ABI 3130xl umístěného na Přírodovědecké fakultě UK provádíme elektroforetickou analýzu vašich DNA fragmentů, jako jsou produkty PCR, RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphism), AFLP (Amplified Fragment Length polymorphism), MLPA (Multiplex Ligation-dependent Probe Amplification) a další.

Sběrné místo je na Přírodovědecké fakultě UK, ve Viničné 7, II. suterénu (označená lednička na chodbě vedle výtahu vpravo). Vzorky k analýze lze také posílat poštou. Sáčky kromě vlastní značky označujte zkratkou FR. Snažíme se o rychlé zpracování výsledků, většinou do dvou pracovních dní, záleží na momentálním počtu přijatých vzorků. Opakované analýzy na genetickém analyzátoru provádíme zdarma.

Genetický analyzátor

Přístroj má nastaveny spektrální kalibrace se standardy:

DS-30 (6FAM™, HEX, NED™, ROX™) pro červený standard ROX400 a ROX500
DS-33 (6FAM™, VIC®, NED™, PET®, LIZ®) pro oranžový standard LIZ500, LIZ600 a LIZ1000
DS-02 (dR110, dR6G, dTAMRA™, dROX™, LIZ®) pro oranžový standard LIZ120 pro SNaPshoty
Další standardy lze instalovat po domluvě s klientem

Výsledky odesíláme e-mailem ve formatu *.fsa

Příprava vzorků:

Vzorky připravujte do stripů nebo optických platíček (dostanete předem na vyžádání i s víčkem). Do platíčka pipetujte vzorky vertikálně, po sloupcích po 8!
Analýza běží na 16ti-kapiláře, snažte se proto, aby počet vzorků byl pokud možno násobkem šestnácti. V případě nižšího počtu vzorků čekáme na doplnění počtu alespoň na 10.
Vzorky (0,5 μl) namíchejte do formamidu (9 μl, i ten můžete dostat předem v laboratoři), přidejte vlastní standard (0,5 μl) a zdenaturujte – postupujte dle návodu výrobce.
Vnitřní standardy (ROX400, 500 a LIZ120, 600,1000) nedodáváme. Standard LIZ500 můžeme po dohodě přidat.
Průvodku ke vzorkům (ke stažení ZDE) zasílejte na adresu seqlab@natur.cuni.cz
Průvodku, sáček se vzorky a předmět e-mailu označte stejně, a to zkratkou jména a datem (např. Štěpánka Hrdá – STH010112). Zkumavky se vzorky označujte zkratkou a pořadovým číslem podle průvodky (např. sth1). Názvy vzorků v průvodce mohou být jakékoli, musí ale začínat zkratkou jména (např. STH), smí obsahovat pouze povolené znaky -_ ., a nesmí obsahovat mezeru.

Vybavení laboratoře

Bioanalyzér 2100, Agilent

Fluorometr Quantus, Promega

3500 Genetic Analyzer, Life Technologies

MiSeq, Illumina

Spektrofotometr Nanodrop 2000 UV-Vis spectrophotometr, Thermo Scientific

Vybavení

Naše přístroje

Bioanalyzér 2100, Agilent

Více informací

Zařízení na kontrolu kvality nukleových kyselin.

k dispozici jsou kity:

a) High Sensitivity DNA kit – pro kontrolu kvality DNA fragmentů a DNA knihoven ve velikosti 50-7000 bp. Tento kit obzvlášť slouží ke kontrole kvality a monitorování kritických kroků při přípravě knihoven pro NGS. Výhodou je vysoké citlivost (detekce už 5 pg/µl) a minimální spotřeba materiálu (pouze 1 µl vzorku).

b) DNA 12000 – pro analýzu dsDNA fragmentů od 100-12000 bp

c) RNA 6000 Nano – pro analýzu celkové RNA a mRNA v koncentraci 25-500 ng/µL. Poskytuje informace o stupni degradace celkové RNA (RIN).

Přístroj je umístěn v místnosti M1.023.