OMICS Genomika

RNDr. Štěpánka Hrdá — Vedoucí laboratoře

Přírodovědecká fakulta Univerzity Karlovy

O nás

CF OMICS – GENOMIKA poskytuje servisní služby v oblasti sekvenace DNA a fragmentační analýzy DNA. S klasickým Sangerovým sekvenováním a metodami fragmentační analýzy máme dlouholeté zkušenosti, samostatná Laboratoř sekvenace DNA vznikla na Přírodovědecké fakultě UK již v roce 2003.

Stránky laboratoře sekvenace DNA naleznete ZDE

Dále nabízíme:

služby sekvenování druhé generace (NGS, Next-generation sekvenování) na platformě MiSeq, Illumina
kontrolu kvality DNA a RNA a knihoven pro NGS pomocí spektrofotometru Nanodrop, fluorometru Quantus, Bioanalyzéru Agilent 2100, Agilent 4150 TapeStation a metodami qPCR
přípravu některých typů knihoven pro NGS (v současné době máme k dispozici TruSeq DNA PCR-Free Library Preparation Kit, Illumina)
možnost využití ultrasonikátoru Covaris M220

Aktuality

Vědci v akci: Vestec a Dolní Břežany poměřily síly v šesti disciplínách

Summer School – Biology of Parasitic Protists: Practical Course

Open Day of Research Infrastructures and Core Facilities

MICOBION EMBL Course: Methods of Functional Genomics

Služby

Naše laboratoř poskytuje následující služby: Sangerovo sekvenování DNA, fragmentační analýza DNA, sekvenování druhé generace (NGS), příprava DNA a RNA knihovny pro NGS a stanovení kvality a kvantity DNA a RNA.

Služby

Sangerovo sekvenování DNA

Fragmentační analýza DNA

Sekvenování druhé generace (NGS)

Vybavení

Naše přístroje

Bioanalyzér 2100, Agilent

Více informací

Zařízení na kontrolu kvality nukleových kyselin.

k dispozici jsou kity:

a) High Sensitivity DNA kit – pro kontrolu kvality DNA fragmentů a DNA knihoven ve velikosti 50-7000 bp. Tento kit obzvlášť slouží ke kontrole kvality a monitorování kritických kroků při přípravě knihoven pro NGS. Výhodou je vysoké citlivost (detekce už 5 pg/µl) a minimální spotřeba materiálu (pouze 1 µl vzorku).

b) DNA 12000 – pro analýzu dsDNA fragmentů od 100-12000 bp

c) RNA 6000 Nano – pro analýzu celkové RNA a mRNA v koncentraci 25-500 ng/µL. Poskytuje informace o stupni degradace celkové RNA (RIN).

Přístroj je umístěn v místnosti M1.023.