OMICS Genomika

RNDr. Štěpánka Hrdá — Vedoucí laboratoře

Přírodovědecká fakulta Univerzity Karlovy

O nás

CF OMICS – GENOMIKA poskytuje servisní služby v oblasti sekvenace DNA a fragmentační analýzy DNA. S klasickým Sangerovým sekvenováním a metodami fragmentační analýzy máme dlouholeté zkušenosti, samostatná Laboratoř sekvenace DNA vznikla na Přírodovědecké fakultě UK již v roce 2003.

Stránky laboratoře sekvenace DNA naleznete ZDE

Dále nabízíme:

služby sekvenování druhé generace (NGS, Next-generation sekvenování) na platformě MiSeq, Illumina
kontrolu kvality DNA a RNA a knihoven pro NGS pomocí spektrofotometru Nanodrop, fluorometru Quantus, Bioanalyzéru Agilent 2100, Agilent 4150 TapeStation a metodami qPCR
přípravu některých typů knihoven pro NGS (v současné době máme k dispozici TruSeq DNA PCR-Free Library Preparation Kit, Illumina)
možnost využití ultrasonikátoru Covaris M220

Aktuality

Vědci v akci: Vestec a Dolní Břežany poměřily síly v šesti disciplínách

Summer School – Biology of Parasitic Protists: Practical Course

Open Day of Research Infrastructures and Core Facilities

MICOBION EMBL Course: Methods of Functional Genomics

Sangerovo sekvenování DNA

Nabízíme sekvenaci plasmidů a PCR produktů zahrnující sekvenační reakci a analýzu na genetickém analyzátoru ABI 3500 Life Technologies.

Vzorky k analýze lze nechávat přímo na recepci Biocev ve sběrné schránce připevněné na zdi (bílá schránka s fialovým nápisem). Další sběrné místo je na Přírodovědecké fakultě UK ve Viničné 7 ve II. suterénu (označená lednička na chodbě vedle výtahu vpravo). Vzorky lze též posílat poštou na adresu: Štěpánka Hrdá, Core facility – Genomika, PřF UK, Biocev, Průmyslová 595, Vestec, 252 50.

Výsledky odesíláme e-mailem ve formatu *.ab1 (chromatogram) a *.seq většinou do dvou pracovních dnů.

Pravidla pro přípravu vzorků a další podrobné informace naleznete na stránkách naší laboratoře, v záložce Sangerovo sekvenování ZDE.

Přehled toho, co nabízíme:

single read sekvenování plazmidů a PCR fragmentů
výsledky obvykle do 1-2 pracovních dnů
typická délka čtení min. 800 bp
konzultace při řešení problémů

Vybavení laboratoře

Bioanalyzér 2100, Agilent

Spektrofotometr Nanodrop 2000 UV-Vis spectrophotometr, Thermo Scientific

MiSeq, Illumina

3500 Genetic Analyzer, Life Technologies

3130xl Genetic Analyzer, Life Technologies

Fluorometr Quantus, Promega

Vybavení

Naše přístroje

Bioanalyzér 2100, Agilent

Více informací

Zařízení na kontrolu kvality nukleových kyselin.

k dispozici jsou kity:

a) High Sensitivity DNA kit – pro kontrolu kvality DNA fragmentů a DNA knihoven ve velikosti 50-7000 bp. Tento kit obzvlášť slouží ke kontrole kvality a monitorování kritických kroků při přípravě knihoven pro NGS. Výhodou je vysoké citlivost (detekce už 5 pg/µl) a minimální spotřeba materiálu (pouze 1 µl vzorku).

b) DNA 12000 – pro analýzu dsDNA fragmentů od 100-12000 bp

c) RNA 6000 Nano – pro analýzu celkové RNA a mRNA v koncentraci 25-500 ng/µL. Poskytuje informace o stupni degradace celkové RNA (RIN).

Přístroj je umístěn v místnosti M1.023.