OMICS Genomika

RNDr. Štěpánka Hrdá — Vedoucí laboratoře

Přírodovědecká fakulta Univerzity Karlovy

O nás

CF OMICS – GENOMIKA poskytuje servisní služby v oblasti sekvenace DNA a fragmentační analýzy DNA. S klasickým Sangerovým sekvenováním a metodami fragmentační analýzy máme dlouholeté zkušenosti, samostatná Laboratoř sekvenace DNA vznikla na Přírodovědecké fakultě UK již v roce 2003.

Stránky laboratoře sekvenace DNA naleznete ZDE

Dále nabízíme:

služby sekvenování druhé generace (NGS, Next-generation sekvenování) na platformě MiSeq, Illumina
kontrolu kvality DNA a RNA a knihoven pro NGS pomocí spektrofotometru Nanodrop, fluorometru Quantus, Bioanalyzéru Agilent 2100, Agilent 4150 TapeStation a metodami qPCR
přípravu některých typů knihoven pro NGS (v současné době máme k dispozici TruSeq DNA PCR-Free Library Preparation Kit, Illumina)
možnost využití ultrasonikátoru Covaris M220

Aktuality

Vědci v akci: Vestec a Dolní Břežany poměřily síly v šesti disciplínách

Summer School – Biology of Parasitic Protists: Practical Course

Open Day of Research Infrastructures and Core Facilities

MICOBION EMBL Course: Methods of Functional Genomics

Sekvenování druhé generace (NGS)

Na platformě MiSeq (Illumina) nabízíme možnost sekvenování jednak Vašich připravených knihoven a jednak knihoven, které jsme v omezeném množství schopni připravit z Vašich vzorků.

Sekvenování na této platformě umožňuje tvorbu clusterů, amplifikaci, sekvenování a primární analýzu dat v jednom přístroji.

Sekundární analýzu dat neprovádíme.

V současné době máme k dispozici sekvenační kity:

MiSeq Reagent kit v2 (300 cyklů)
MiSeq Reagent kit v3 (150 cyklů)
jiný typ sekvenačního kitu můžeme objednat, dodací lhůta bývá zpravidla 2-3 týdny

Kvalitu Vámi připravené DNA/RNA knihovny pro NGS si před sekvenováním vždy prověříme vhodnou metodou.

Příprava DNA a RNA knihovny pro NGS

V současné době máme k dispozici tyto kity:

TruSeq Stranded Total RNA Library Preparation Kit, Illumina
TruSeq DNA PCR-Free Library Preparation Kit, Illumina

Stanovení kvality a kvantity DNA a RNA

Vzhledem k tomu, že nejpravděpodobnější příčinou selhání sekvenční reakce je špatná kvalita nebo koncentrace templátu, nabízí naše CF k použití několik přístrojů pro měření kvantity a kvality DNA a RNA:

Spektrofotometr Nanodrop 2000UV-Vis
Fluorometr Quantus
Agilent 2100 Bioanalyzér
LightCycler 480 Real-TimePCR, Roche
Agilent 4150 TapeStation

Vybavení laboratoře

Spektrofotometr Nanodrop 2000 UV-Vis spectrophotometr, Thermo Scientific

Bioanalyzér 2100, Agilent

3130xl Genetic Analyzer, Life Technologies

3500 Genetic Analyzer, Life Technologies

MiSeq, Illumina

Fluorometr Quantus, Promega

Agilent 4150 TapeStation

Vybavení

Naše přístroje

Bioanalyzér 2100, Agilent

Více informací

Zařízení na kontrolu kvality nukleových kyselin.

k dispozici jsou kity:

a) High Sensitivity DNA kit – pro kontrolu kvality DNA fragmentů a DNA knihoven ve velikosti 50-7000 bp. Tento kit obzvlášť slouží ke kontrole kvality a monitorování kritických kroků při přípravě knihoven pro NGS. Výhodou je vysoké citlivost (detekce už 5 pg/µl) a minimální spotřeba materiálu (pouze 1 µl vzorku).

b) DNA 12000 – pro analýzu dsDNA fragmentů od 100-12000 bp

c) RNA 6000 Nano – pro analýzu celkové RNA a mRNA v koncentraci 25-500 ng/µL. Poskytuje informace o stupni degradace celkové RNA (RIN).

Přístroj je umístěn v místnosti M1.023.